Tổng hợp các kết quả nghiên cứu về Astrovirus (viêm thận ở gà) ở Việt Nam

Bệnh tích của bệnh viêm thận ở gà (giai đoạn úm, gà dò) là hiện tượng phủ một lớp màng màu phấn trắng ở bề mặt gan, trong xoang bao tim. Phổ biến hơn cả là tình trạng thận nhạt màu, ống dẫn niệu căng đầy chất dịch màu trắng (hình 1).

Bằng phản ứng RT-PCR (cặp mồi ANV.ORF1a.F: AGA TAC GCT TGC TCG TCT TG và ANV.ORF1a.R: CCT CTA ACC GGC GAT ATT CT) (Mandoki & cs, 2006) đã xác định được sự có mặt của ANV trong các mẫu có bệnh tích lâm sàng của bệnh viêm thận truyền nhiễm. Kết quả phân tích trình tự gen ORF1 ở mẫu bệnh phẩm dương tính với ANV được trình bày ở hình 2.

Ghi chú: dấu “.” biểu thị các nucleotide giống so với trình tự tham chiếu (NC_003790), dấu “-“ biểu thị vị trí không có nucleotide tương ứng.

Mối quan hệ di truyền giữa ANV của Việt Nam với các chủng tham chiếu được xác định thông quan phân tích cây phát sinh chủng loại, sử dụng phần mềm IQ-TREE 2 (Minh & cs, 2020).

Ghi chú: trình tự gen dùng xây dựng cây phát sinh chủng loại có vị trí từ nucleotide 1679 đến 2284 của chủng tham chiếu NC_003790. Trình tự tham chiếu ANV serotype 1 (NC_003790) (Imada, Yamaguchi & cs 2000) và serotype 2 (MH028405) (Castro, Chagas & cs 2018). Giá trị bootstrap ở mỗi nhánh biểu thị mức độ tin cậy của phân nhanh. Thước đo ở phía dưới của cây biểu thị tốc độ đột biến nucleotide/ vị trí. Giải đồ giải trình tự gen đính kèm biểu diễn vị trí có đa hình nucleotide T/G (mũi tên).

Căn cứ đặc điểm phân nhánh, chủng ANV của Việt Nam được xác định thuộc ANV serotype 1 và gần gũi với các chủng phát hiện được ở châu Á (Nhật Bản, Trung Quốc), châu Âu (Hungary) và Australia. Bên cạnh gen mã hóa protein phi cấu trúc, trình tự gen mã hóa capsid protein đã được dùng để phân loại ANV serotype 1 và serotype 2 thành 6 nhóm di truyền (Todd & cs, 2011). Do vậy, cần có thêm nghiên cứu để làm rõ hơn các nhóm di truyền của ANV ở gà nuôi tại Việt Nam.

Tài liệu tham khảo

1. Minh, B. Q., H. A. Schmidt, O. Chernomor, D. Schrempf, M. D. Woodhams, A. von Haeseler and R. Lanfear (2020). “IQ-TREE 2: new models and efficient methods for phylogenetic inference in the genomic era.” Mol Biol Evol 37(5): 1530-1534.
2. Todd, D., J. Trudgett, V. J. Smyth, B. Donnelly, N. McBride and M. D. Welsh (2011). “Capsid protein sequence diversity of avian nephritis virus.” Avian Pathol 40(3): 249-259.